Instalação do Deducer no R

Para aqueles que desejam uma interface mais amigável do R. Tem-se disponibilizado o deducer, que trabalha na interface java. A seguir mostro os passos a seguir para instalar com sucesso. Prestar atenção aos comandos pois o R faz diferença entre maiúsculas e minusculas case

1. Instala o R versão acima de 2.10
2. Instalar o pacote 'Deducer' da forma usual. Instala uns 8 pacotes (Ex install.packages("Deducer",,"http://rforge.net/")
3. Instalar o pacote 'DeducerExtras' (opcional)
4. Instalar JGR do link   http://rforge.net/JGR/web-files/jgr-1_62.exe 
5. O arquivo jgr-1_62 se localizou na seguinte pasta 'C:\Users\cesar' 
6. Criei um atalho para o arquivo anterior e abrir
7. No menu 'Packages&Data' -> Package Manager--> Ativar com loaded e default de 'Deducer' e 'DeducerExtras' como se mostra a seguir

Figura1. Package manager

Figura 2. Face do Deducer quando instalado ate o passo 7

Figura 3. Carregando dados (Estes pode ser xls, csv, etc, mas deve ter uma tabela, nao de tabelas multiplas)

Aqui se visualiza a base de dados e pode modificar a classe das fileiras se são fatores, double, carateres, etc

Opções no menu Analysis

Exemplo: Modelos lineares (Linear Model)

Sucesso no uso desta ajuda!!

AULAS 2013-2 DA POSGRADUACAO EM GENETICA E CONSERVACAO DO INPA

PÓS-GRADUAÇÃO EM GENÉTICA, CONSERVAÇÃO E BIOLOGIA EVOLUTIVA DO INPA (Manaus)

Edital INPA/COCP Nº 012/2013 – GCBEv
EXAME DE SELEÇÃO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM GENÉTICA,
CONSERVAÇÃO E BIOLOGIA EVOLUTIVA DO INPA - NÍVEL MESTRADO

Período de inscrição: 29 de julho a 23 de setembro de 2013.

O Programa de Pós-Graduação em Genética, Conservação e Biologia Evolutiva
oferecerá 20 (vinte) vagas, sendo 17 vagas para candidatos brasileiros, 01 vaga para
candidatos estrangeiros do Programa de Estudantes-Convênio de Pós-Graduação (PEC-PG)
e 02 vagas para candidatos estrangeiros que não são pelo PEC-PG.

OBSERVAÇÕES:
(1) Os candidatos estrangeiros do Programa de Estudantes-Convênio de Pós-Graduação –
(PEC/PG) não fazem provas de conhecimento da área e nem de suficiência em língua inglesa
no seu processo de seleção, sendo avaliados diretamente pela CAPES (Coordenação de
Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, do Ministério de Educação). Porém, se
aprovado, o candidato do PEC/PG realizará posteriormente prova de suficiência em língua
inglesa conforme o Regulamento específico deste Programa.
(2) Candidatos de procedência estrangeira deverão fazer as provas de conhecimento
específico em português e de suficiência em língua inglesa e se forem aprovados, deverão
apresentar, no ato da matrícula, certificado em língua portuguesa para estrangeiros (CELPEBras).

Veja o edital completo e requisitos
http://pg.inpa.gov.br/arquivos/Genetica_Conservacao_e_Biologia_Evolutiva/2013/Edital_012_2013_GCBEv.pdf

CONECTOMA

Palavra que indica conexões. Neste conceito observa-se o complexidade da vida, especialmente do funcionamento do cérebro. No caso do homem são 3 bilhões de pb lineares, e 20 a 30 mil genes. Agora pode se pensar como estes interagem e construir mapas de conexão. Isto certamente é mais difícil que apenas saber a sequencias genômicas.
A pergunta do autor do artigo Prashant Nair é se será útil fazer isto com o genoma. Penso particularmente que deve ser útil. Especialmente quando se trata da nova ciência que promete trazer pulos tecnológicos:  A Biologia de Sistemas.
Em melhoramento acredito que ajudaria a focar-se sobre os genes chave para depois modificar os secundários em caracteres de interesse. Provavelmente os monogenes que dão expressão mendeliana são pontos chaves das redes. Desta forma a segunda lei de mendel apenas seria uma exceção e não a regra. Apesar de tal independência física entre os genes, isto não necessariamente significaria independência de funções. Embora o dito anteriormente parece ser temerário, as evidencias nos mostram essas possibilidades.

Fonte: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1749-6632.2010.05888.x/full

Fonte: http://www.pnas.org/content/110/15/5739.full.pdf+html
Teoria das redes: http://www.conteudo.org.br/index.php/conteudo/article/viewFile/27/25
Lab de Biologia de Sistemas na Unicamp http://sysbiol.cbmeg.unicamp.br/Joomla/

Novas técnicas com perspectiva para serem utilizadas em Plant Breeding

1. A tecnologia ZFN: São  nucleases de zinco que fazem cortes do DNA in vivo, direcionados para determinados locais do genoma para induzir mutações, silenciamento,ou ate inserção de novos genes.
2. Indução de mutações em oligonucleotídios (ODM): Utiliza-se oligonucleotídios artificiais para induzir mutações a nível de oligonucleotídios.
3. Cis gênesis e Trans gênesis: São transgênicos que utilizam genes da mesma especie.
4. Metilação de DNA dependente de RNA (RdDM): Silencia a trancrição do gene.
5. Enxertos em cavalos transgênicos
6. Melhoramento reverso: Parte-se da F1 e termina-se em linhas suprimindo o crossing-over e fazendo duplos haloides.
7. Agroinfiltração:  Injeção de vetores com o(s) gen(es) de interesse.

Fonte: 

Nature Biotechnology

 

30,

 

231–239

 

(2012)

Agbiotech: O que o melhoramento de plantas deverá ser

Na  Nature Biotechnology 30 , 197, (2012) é notada que a forma como esta sendo levada a pesquisa e a política dos governos em agricultura nos levará a sérios problemas de fome no futuro, decorrente de: 

1. A população em 12 anos passou de 6 bi para 7 bilhões de pessoas.
2. O consumo de alimentos em 50 anos se duplicará

Então é hora de sair dos velhos debates filosóficos ou partidaristas dentro dos métodos melhoramento convencionais ou biotecnológicos, das politicas que discutem se o transgênico é bom ou não. E ir ao que realmente interessa: falta de alimentos em 50 anos. Utilizar toda a tecnologia e conhecimento para resolver o verdadeiro problema.

O problema esta ainda agravado pois de forma geral os orçamentos para pesquisas na área são reduzidos. Em 2012 o orçamento dos EUA em agricultura foi 2,3 bilhões de dólares e em pesquisa nos institutos de saúde 31,2 bilhões. Imagino que no Brasil deve seguir essa proporção.


Para os melhoristas é hora de ser criativos, quando esta não é reconhecida ou incentivada e jogar mão da toda a tecnologia disponível, sem partidarismos sem ciumes da biologia molecular, da inferência bayesiana, etc. Olhando o bem da humanidade e da natureza. Se não se fizer mudança radical de pensamentos e ações o comentado virará a historia de uma morte anunciada.  

Ver o artigo: http://www.nature.com/nbt/journal/v30/n3/full/nbt.2168.html

Fonte: http://www.nature.com/nbt/journal/v30/n3/full/nbt.2142.html

Crescimento e desafios da ciência em America Latina

Na revista Science do 15 de março de 2013, página 1274 são mostradas algumas informações do estado atual do crescimento da ciência em America Latina.
1. As publicações cientificas cresceram nos últimos 30 anos de 1% a 4% de todas as publicações.
2. 95% desses 4% são publicações do Brasil, México, Chile e Colômbia.
3. Há insuficiente orçamento para P&D que redunda em baixa qualidade acadêmica e minima relação industria-universidade.
4. Em alguns países os investimentos em P&D representam despensas sem retorno.
5. O Brasil esta crescendo, no entanto, falta fazer muito em Latino América.

link: http://www.sciencemag.org/content/339/6125/1274.1.full
Growing Latin America Science http://www.sciencemag.org/content/338/6111/1127

Enfraquecimento da pesquisa nos EUA (2013)

Na edição da revista Science 15 de março de 2013, o editor chefe Bruce Alberts adverte sinais da decandencia da pesquisa nos EUA. Estes são:

1. Redução do orçamento de 1.25% do PIB no 2012 para 0.87% neste ano.

2. A National Science Foundation oferecera 1000 bolsas a menos que o ano passado.

3. As melhores mentes do mundo desejavam estudar nos EUA. Isto pode-se ver no 25% dos membros da academia da ciência americana são estrangeiros.

4. Outras nações estão aumentando a intensidade de sua investigação. Por exemplo: Alemanha, China e Coreia do Sul.

Ver a editorial: http://www.sciencemag.org/content/339/6125/1252.full