segunda-feira, 27 de outubro de 2014

A ordem de Manaus- Parte 1

Após quase um ano podemos avaliar o que é Manaus. Tem varias coisas que chamam a atenção. Ainda não me adaptei ao clima e cultura. Mas despertou o interesse de ficar aqui por mais tempo.
Existe uma relação entre as pessoas de uma forma sui generis. Sempre admirei a bandeira do Brasil e sonhava com ter nascido no único pais que teve a ousadia de colocar um texto na bandeira com meu lema de vida: "Ordem e progresso", não posso acusar de plagio. E cresci pensando que nasci no lugar errado.
No sul e sudeste brasileiro percebe-se um tipo de ordem diferente ao ordem amazônico. A ordem posso definir como um conjunto de regras que facilitam a vida pessoal e da comunidade. A ordem que impera aqui é uma desordem ordenada pela cultura "Salve-se quem possa". 

Transito
Com 685000 carros rodando pela cidade de dois milhões de habitantes é esperado ter congestão de transito. Então é preciso ordem do transito, mas observo de forma aleatória, com congestão ou sem congestão uma briga de formula 1, uma luta animalesca por passar o sinal vermelho, a faixa de pedestre, furar uma fila, ziguezaguear, piscar os faróis, apitos despropositados, carros na calçada, fazer retornos indevidos por calçadas, jardins, motoqueiros sem capacete na cabeça ate com três pessoas abordo a 70 km/h.  Acredito que se os veículos tivessem pernas para caminhar muitos as levantariam e esmagariam aos que tranquilamente esperam uma fila avançar. 
Vejo uma população que tomou a impaciência como parte da cultura. E fazer loucuras com  convicção quase religiosa.
Os taxistas formais são padrão de como se comportar no transito no mundo, mas aqui é no inverso. Em geral são os todo-poderosos da rua. 
A ordem manauara não posso aceitar, onde há impaciência só ha confusão e onde há confusão não há progresso. Para fazer jus ao Brasil que sempre admirei pela bandeira, devemos apoiar toda iniciativa ou promover coisas que elevem o nível do ordem do transito em Manaus.

Policiais
A presença de elementos do ordem na cidade são os policiais. Mas é tão difícil vê-los, sua presença escassa como o frio nesta região me leva a pensar que eles não existem para por ordem. Por ocasião da Copa FIFA 2014 no centro caminhei com tanta tranquilidade que podia distrair a vista com a bela arquitetura colonial do centro histórico.
Parece-me que não existe inteligencia policial, apenas fraca presença policial. Tal vez a cultura da ordem amazônica seja a responsável. Por ser uma região isolada do Brasil a tranquilidade do passado tenha feito dormir aos policiais. Pode caminhar kilometros de carro que não vê policial de a pé, apenas agentes do transito. Em verdade eles estão nos carros 4x4 mitsubishi e na base chamada "Ronda do Bairro".  Em uma cidade deste tamanho precisa-se ter pontos de vigilância constante.  Vendo o mapa da violência e de acidentes algum agente deveria estar perto. Se os agentes do ordem continuam imobilizados a população vai começar a fechar ruas com grades ou fazer "condomínios de ruas". Sem agentes do ordem o progresso é impossível. A sociedade passa ao temor e terror. 

Lixo
Provavelmente esta cidade deve ser a mais suja que conheço e a cultura de jogar tudo pela janela é normal. A ideia que de o lixo deve-ser ensacado e colocado no deposito correto é dever de todo morador. Mas também observa-se que em certos bairros as águas das pias vão para a via asfaltada, criando correguinhos, que no calor são pestilentes, isto se ve ate no bairro parque 10 que é um dos melhores e aparente planejado. A coleta seletiva é pequena, ainda não foi levada a serio.
Outro problema grande é que os corregos maiores chamados de igarapes são os locais onde parte da população joga o lixo com toda naturalidade. Quase 4000 toneladas de lixo a prefeitura retirou neste ano 2014.
A falta de ordem neste quesito leva a doenças, perda de qualidade de vida.

Transporte público
Como na maioria do Brasil este sistema esta indo a pique, o uso da bicicleta é quase impossível nesta cidade. Os ônibus públicos frequentemente andam lotados, não tem ar climatizado. É um inferno molhado. Isto esta levando a que os carros particulares sejam mais procurados. Nos terminais existe desordem para subir ao ônibus uma corrida desesperada. Estou começando a pensar na necessidade de trem ou metro. Desafogar as vias troncais e abrir espaço para os ciclistas.
Com desordem do transporte público o progresso desta bela região tende a se transformar no bicho papão da amazônia.

quinta-feira, 15 de agosto de 2013

Instalação do Deducer no R

Para aqueles que desejam uma interface mais amigável do R. Tem-se disponibilizado o deducer, que trabalha na interface java. A seguir mostro os passos a seguir para instalar com sucesso. Prestar atenção aos comandos pois o R faz diferença entre maiúsculas e minusculas case

1. Instala o R versão acima de 2.10
2. Instalar o pacote 'Deducer' da forma usual. Instala uns 8 pacotes (Ex install.packages("Deducer",,"http://rforge.net/")
3. Instalar o pacote 'DeducerExtras' (opcional)
4. Instalar JGR do link   http://rforge.net/JGR/web-files/jgr-1_62.exe 
5. O arquivo jgr-1_62 se localizou na seguinte pasta 'C:\Users\cesar' 
6. Criei um atalho para o arquivo anterior e abrir
7. No menu 'Packages&Data' -> Package Manager--> Ativar com loaded e default de 'Deducer' e 'DeducerExtras' como se mostra a seguir

Figura1. Package manager



Figura 2. Face do Deducer quando instalado ate o passo 7
Figura 3. Carregando dados (Estes pode ser xls, csv, etc, mas deve ter uma tabela, nao de tabelas multiplas)

Aqui se visualiza a base de dados e pode modificar a classe das fileiras se são fatores, double, carateres, etc

Opções no menu Analysis
Exemplo: Modelos lineares (Linear Model)

Sucesso no uso desta ajuda!!








domingo, 11 de agosto de 2013

PÓS-GRADUAÇÃO EM GENÉTICA, CONSERVAÇÃO E BIOLOGIA EVOLUTIVA DO INPA (Manaus)

Edital INPA/COCP Nº 012/2013 – GCBEv
EXAME DE SELEÇÃO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM GENÉTICA,
CONSERVAÇÃO E BIOLOGIA EVOLUTIVA DO INPA - NÍVEL MESTRADO

Período de inscrição: 29 de julho a 23 de setembro de 2013.

O Programa de Pós-Graduação em Genética, Conservação e Biologia Evolutiva
oferecerá 20 (vinte) vagas, sendo 17 vagas para candidatos brasileiros, 01 vaga para
candidatos estrangeiros do Programa de Estudantes-Convênio de Pós-Graduação (PEC-PG)
e 02 vagas para candidatos estrangeiros que não são pelo PEC-PG.

OBSERVAÇÕES:
(1) Os candidatos estrangeiros do Programa de Estudantes-Convênio de Pós-Graduação –
(PEC/PG) não fazem provas de conhecimento da área e nem de suficiência em língua inglesa
no seu processo de seleção, sendo avaliados diretamente pela CAPES (Coordenação de
Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, do Ministério de Educação). Porém, se
aprovado, o candidato do PEC/PG realizará posteriormente prova de suficiência em língua
inglesa conforme o Regulamento específico deste Programa.
(2) Candidatos de procedência estrangeira deverão fazer as provas de conhecimento
específico em português e de suficiência em língua inglesa e se forem aprovados, deverão
apresentar, no ato da matrícula, certificado em língua portuguesa para estrangeiros (CELPEBras).

Veja o edital completo e requisitos
http://pg.inpa.gov.br/arquivos/Genetica_Conservacao_e_Biologia_Evolutiva/2013/Edital_012_2013_GCBEv.pdf

quarta-feira, 10 de abril de 2013

CONECTOMA


Palavra que indica conexões. Neste conceito observa-se o complexidade da vida, especialmente do funcionamento do cérebro. No caso do homem são 3 bilhões de pb lineares, e 20 a 30 mil genes. Agora pode se pensar como estes interagem e construir mapas de conexão. Isto certamente é mais difícil que apenas saber a sequencias genômicas.
A pergunta do autor do artigo Prashant Nair é se será útil fazer isto com o genoma. Penso particularmente que deve ser útil. Especialmente quando se trata da nova ciência que promete trazer pulos tecnológicos:  A Biologia de Sistemas.
Em melhoramento acredito que ajudaria a focar-se sobre os genes chave para depois modificar os secundários em caracteres de interesse. Provavelmente os monogenes que dão expressão mendeliana são pontos chaves das redes. Desta forma a segunda lei de mendel apenas seria uma exceção e não a regra. Apesar de tal independência física entre os genes, isto não necessariamente significaria independência de funções. Embora o dito anteriormente parece ser temerário, as evidencias nos mostram essas possibilidades.



Fonte: http://www.pnas.org/content/110/15/5739.full.pdf+html
Teoria das redes: http://www.conteudo.org.br/index.php/conteudo/article/viewFile/27/25
Lab de Biologia de Sistemas na Unicamp http://sysbiol.cbmeg.unicamp.br/Joomla/

domingo, 24 de março de 2013

Novas técnicas com perspectiva para serem utilizadas em Plant Breeding

1. A tecnologia ZFN: São  nucleases de zinco que fazem cortes do DNA in vivo, direcionados para determinados locais do genoma para induzir mutações, silenciamento,ou ate inserção de novos genes.
2. Indução de mutações em oligonucleotídios (ODM): Utiliza-se oligonucleotídios artificiais para induzir mutações a nível de oligonucleotídios.
3. Cis gênesis e Trans gênesis: São transgênicos que utilizam genes da mesma especie.
4. Metilação de DNA dependente de RNA (RdDM): Silencia a trancrição do gene.
5. Enxertos em cavalos transgênicos
6. Melhoramento reverso: Parte-se da F1 e termina-se em linhas suprimindo o crossing-over e fazendo duplos haloides.
7. Agroinfiltração:  Injeção de vetores com o(s) gen(es) de interesse.

Fonte: 
Nature Biotechnology
 
30,
 
231–239
 
(2012)






quarta-feira, 20 de março de 2013

Agbiotech: O que o melhoramento de plantas deverá ser

Na  Nature Biotechnology 30 197, (2012) é notada que a forma como esta sendo levada a pesquisa e a política dos governos em agricultura nos levará a sérios problemas de fome no futuro, decorrente de: 

1. A população em 12 anos passou de 6 bi para 7 bilhões de pessoas.
2. O consumo de alimentos em 50 anos se duplicará

Então é hora de sair dos velhos debates filosóficos ou partidaristas dentro dos métodos melhoramento convencionais ou biotecnológicos, das politicas que discutem se o transgênico é bom ou não. E ir ao que realmente interessa: falta de alimentos em 50 anos. Utilizar toda a tecnologia e conhecimento para resolver o verdadeiro problema.

O problema esta ainda agravado pois de forma geral os orçamentos para pesquisas na área são reduzidos. Em 2012 o orçamento dos EUA em agricultura foi 2,3 bilhões de dólares e em pesquisa nos institutos de saúde 31,2 bilhões. Imagino que no Brasil deve seguir essa proporção.


Para os melhoristas é hora de ser criativos, quando esta não é reconhecida ou incentivada e jogar mão da toda a tecnologia disponível, sem partidarismos sem ciumes da biologia molecular, da inferência bayesiana, etc. Olhando o bem da humanidade e da natureza. Se não se fizer mudança radical de pensamentos e ações o comentado virará a historia de uma morte anunciada.  

Ver o artigo: http://www.nature.com/nbt/journal/v30/n3/full/nbt.2168.html